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Qu’est-ce que l’API TAXREF ?

En plus de l’indexation TAXREF déjà présente, la 4.3 introduit l’usage de l’interface programmatique proposée par le Muséum National d’Histoire Naturelle. Cette API permet notamment d’obtenir les identifiants d’un taxon donné dans différentes bases internationales, certaines généralistes, d’autres spécialisées. Avec ces identifiants, on peut alors accéder aux pages de description du taxon fournies par chacun des organismes, de la même manière que l’indexation déjà en place permet de le faire pour accéder aux pages de l’INPN.

L’API permet également d’accéder aux classements des taxons vis à vis des différentes conventions internationales et listes rouges.

Avec la 4.3, l’API est encapsulée de manière à retrouver les liens vers les pages de certains (9) organismes internationaux décrivant un taxon donné. L’encapsulation restitue également le classement du taxon en liste rouge pour la Haute Garonne et tous les échelons administratifs supérieurs. Ces informations viennent s’insérer sur chaque fiche espèce indexée, en dessous du lien produit par l’indexation (les fiches non-indexées ne sont pas concernées, car l’identifiant TAXREF du taxon est la clef d’accès à cette API).

Pour les fiches indexées, l’affichage des informations issues de l’API dépend de la disponibilité des serveurs TAXREF et du contenu des bases : Biodiv n’a pas de contrôle sur ces deux aspects.

Paramétrer l’API dans Biodiv

Le paramétrage de l’encapsulation est défini dans Rsc3/js/taxref.json. Pour faire évoluer la liste des organismes à considérer, on modifiera la fonction baseTaxrefValide. Pour changer le périmètre géographique à considérer vis à vis des listes rouges, on modifiera la variable locationIds dans la fonction statusTaxrefValide.

L’état par défaut du fichier de configuration Rsc3/js/taxref.json est donné ci-dessous. Les valeurs modifiables sont indiquées en gras. Pour plus d’informations sur les valeurs possibles, on se reportera à la documentation de l’API sur le site du Muséum.

/**
 * Filtre les bases proposées par l'api TAXREF  
 * https://taxref.mnhn.fr/api/externalDb/
 * pour ne retenir que les plus intéressantes
 */
 
function baseTaxrefValide(nom) {
    const validDB = [
	"ANTCAT",	// An Online Catalog of the Ants of the World
	"Avibase",	// The world bird database
	"BDTFX", 	// Trachéophytes de France métropolitaine (Tela Botanica)
	"BRYO_FR_FCBN",	// Mousses, hépatiques et anthocérotes de France métropolitaine de la FCBN
	"EASIN",	// Réseau européen d’information sur les espèces exotiques
	"The World Spider Catalog",
	"GBIF", 	// Global Biodiversity Information Facility
	"WFO (World Flora Online)", 
	"WoRMS"		// World Register of Marine Species
	];
	return validDB.includes(nom);
}

function statusTaxrefValide(item,taxon) {
	const typesGroup = [
		'Liste rouge',
		'Protection',
	];
	const locationIds = [
		'WORLD',		// Monde
		'EUROPE',		// Europe
		'TERFXFR',		// France métropolitaine
		'INSEER73',		// Midi-Pyrénées
		'INSEER76',		// Occitanie
		'INSEED31'		// Haute-Garonne
	];
	const excludedStatus = [
		'NA'			// Non applicable
	];
	
	return (
		typesGroup.includes(item.statusTypeGroup) &&
		locationIds.includes(item.locationId) &&
		(!excludedStatus.includes(item.statusCode)) &&
		(item.taxon.referenceId == taxon)
		);
}