Projet.Biodiv

Les limites de la classification Biodiv

Quand un rédacteur produit une fiche décrivant une espèce, il crée en réalité un article portant un numéro dans la base Biodiv, et ce numéro devient de fait la référence interne de l’espèce dans la base.

Si ce système a l’avantage de la simplicité, il a aussi un inconvénient majeur : celui de générer des identifiants d’espèces qui ne sont pas partageable avec un autre site Biodiv ou avec une autre structure naturaliste. Que veut dire par exemple l’espèce 123 de Biodiv.Balma pour le Muséum national d’histoire naturel, ou même pour Biodiv.Sone ?

Utiliser une classification standardisée

Afin de remédier à ce problème, on associe une référence d’article (c’est à dire son numéro unique) à la référence d’un taxon dans une classification externe, la classification TAXREF utilisée par l’Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN).

Par exemple, l’ophrys abeille (Ophrys apifera) est référencée dans Biodiv.Balma comme le taxon numéro 412. Cette même orchidée est connue de l’INPN sous la référence 110335, au sein de la classification TAXREF dans sa version 8.

Les sites Biodiv permettent de faire le lien entre la référence interne (412), la référence externe (110335) venant de TAXREF.

Mécanisme de référence croisée

Pour effectuer la correspondance, le site utilise deux sources :

• les fiches espèces (articles dont la composition est espece)
• le référentiel TAXREF

Sur le site Biodiv, un processus d’arrière plan extrait les noms latins des fiches espèces et les compare au champ correspondant le référentiel TAXREF. Si une correspondance est détectée, une entrée est créée ou mise à jour dans la base de données du site. Grâce à cette information, chaque fiche espèce ainsi indexée verra apparaître le numéro de taxon et un lien vers le site de l’INPN.

Comment indexer les fiches espèces ?

L’indexation est mise en œuvre par l’administrateur du site et se déroule de manière automatique. Pour le rédacteur d’une fiche espèce, la seule chose à faire est de bien spécifier le nom latin de l’espèce, en respectant les règles suivantes :

• Le nom latin comporte (généralement) deux termes
• Le premier terme doit comprendre une majuscule, pas le second.
• Un seul espace entre les deux noms.
• Quand plusieurs noms latins existent, n’en mentionner qu’un seul dans le champ sous-titre ; le deuxième pourra être indiqué dans un autre champ avec les autres noms de l’espèce.
• Quand aucun nom vernaculaire n’existe, on placera le nom latin dans le champ titre ET dans le champ sous-titre.

A propos de TAXREF

Le référentiel TAXREF est mis périodiquement à jour par le Muséum National d’Histoire Naturelle, en fonction de l’évolution des connaissances. Parmi les informations qu’il fournit, certaines sont utilisées sur les sites Biodiv :

• LB_NOM : C’est le nom latin binominal de l’espèce, qui la désigne de manière universelle, indépendamment des appellations locales ;
• CD_NOM : Identifiant unique associé au LB_NOM dans TAXREF
• CD_REF : Avec l’évolution des connaissances, il arrive que des espèces considérées comme différentes se révèlent être la même. Pour stabiliser les classifications, chaque ancienne dénomination continue à exister et garde son CD_NOM, mais l’une d’elle est choisie comme dénomination de référence et devient le CD_REF. Autrement dit, deux taxons ayant des CD_REF différents appartiennent à deux espèces différentes ; en revanche, deux taxons ayant des CD_NOM différents appartiendront à la même espèce si et seulement si ils partagent le même CD_REF.
• REGNE : le plus haut niveau de classification des espèces dans le référentiel
• GROUP1 et GROUP2 : deux niveaux de regroupement utilisés par l’INPN.

Les sites Biodiv indexent les fiches espèce sur la base du LB_NOM. Une table de classification recueille alors le lien entre l’identifiant de la fiche et les champs de TAXREF listés ci-dessus. Ces informations permettent l’exportation normalisée des données, la mise en œuvre de l’API GeoJson et l’accès aux pages espèce du site de l’INPN.