Les observations peuvent porter sur des espèces sensibles ou protégées, dont il est important de ne pas diffuser la localisation précise. L’observateur peut rendre individuellement des localisations invisibles aux visiteurs et autres participants (hormis aux administrateurs). Les administrateurs peuvent forcer globalement la confidentialité des informations pour une espèce donnée.
Quand une observation est confidentielle, sa localisation disparait des affichages textuels et cartographiques et elle ne peut être retrouvée par les fonctions de recherche géospatiale.